茶樹是我國重要的經(jīng)濟作物。高度雜合的二倍體茶樹，其參考基因組的組裝結(jié)果混雜了雙親等位基因組的嵌合序列，盡管這樣的組裝便于比較和分析數(shù)據(jù)，但都忽略了可能具有潛在生物學(xué)功能并影響高度雜合基因組質(zhì)量的等位基因變異。迄今為止，已在舒茶早、龍井43、碧云等綠茶品種上組裝了高質(zhì)量的染色體級別基因組，但未見烏龍茶品種基因組研究報道。
黃旦，又名黃棪、黃金桂，是福建省主栽的優(yōu)良茶樹品種，于1985年通過全國農(nóng)作物品種審定委員會的認定(編號：GS13008-1985);2018年通過國家非主要農(nóng)作物品種登記(GPD茶樹(2018)350003)。黃旦不僅是國家烏龍茶新品種選育的對照種，而且作為高香優(yōu)質(zhì)骨干親本，已培育出一系列優(yōu)良的雜交種，包括包括茗科1號(編號：國審茶2002017)、黃觀音(編號：國審茶2002015)、黃奇(國審茶2002018)、金牡丹(編號：國品鑒茶2010024)、黃玫瑰(編號：國品鑒茶2010025)、瑞香(編號：國品鑒茶2010017)紫玫瑰(編號：閩審2005003)、春閨(編號：閩審2015001)、金茗早(新品系)等。黃棪作為高香優(yōu)質(zhì)的骨干親本，在我國茶樹育種中具有極高的代表性。
近日， Horticulture Research在線發(fā)表了福建農(nóng)林大學(xué)葉乃興教授團隊和中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院深圳農(nóng)業(yè)基因組研究所張興坦研究員團隊題為Genetic basis of high aroma and stress tolerance in the oolong tea cultivar genome的研究論文。該文章通過PacBio CCS和Hi-C測序結(jié)合ALLHiC算法，首次組裝獲得烏龍茶品種‘黃旦’的二倍體染色體級別基因組與兩套單體型染色體級別基因組。
該研究獲得了國家級烏龍茶品種黃旦的二倍體染色體級別參考基因組，大小為2.94Gb，與使用流式細胞儀的測定結(jié)果一致。黃旦基因組的雜合度為2.79%-3.40%，contig N50達到2.61Mb，LAI值為16.16，BUSCO指數(shù)為95.0%，注釋獲得43779個蛋白質(zhì)編碼基因，70.75%的黃旦基因組序列被注釋為重復(fù)序列。黃旦與古茶樹DASZ之間具有最多的結(jié)構(gòu)變異注釋基因，而烏龍茶品種黃旦與綠茶品種舒茶早和龍井43間的結(jié)構(gòu)變異注釋基因與香氣途徑相關(guān)，表明結(jié)構(gòu)變異可能影響黃旦的高香品種特性。
Fig. 4: Analysis of SVs and related genes.
結(jié)合SV、轉(zhuǎn)錄組和揮發(fā)物測定結(jié)果發(fā)現(xiàn)TPS家族基因的結(jié)構(gòu)變異、廣泛且特異地高表達是黃旦品種高香特性的分子基礎(chǔ)。該研究通過比較基因組學(xué)觀察到低溫調(diào)控核心因子CBF在茶樹染色體上的串聯(lián)進化模式。
Fig. 6: Phylogenetic and tissue expression analysis of TPS genes from HD and SCZ.
此外，獲得高雜合性茶樹的兩組單體型基因組HA和HB，總共包含30條假染色體，其中HA長度為2.90Gb，HB為2.97Gb。BUSCO分析表明，HA和HB分別注釋87.7%和85.9%的保守單拷貝基因，而完整的BUSCO基因的注釋率為95.2%。兩組單體型基因組存在大量遺傳變異，包括2357萬個SNP，114萬個插入和113萬個缺失。59.38%(26000/43779)的編碼基因可定義為等位基因，平均相似度為92.6%，Ka/Ks比為0.61。
黃旦高質(zhì)量單體型基因組和二倍體基因組具有豐富的遺傳信息，可為茶樹的功能基因組學(xué)研究與精確分子育種奠定基礎(chǔ)。
基因組和轉(zhuǎn)錄組的原始數(shù)據(jù)和注釋數(shù)據(jù)均已上傳國家基因組信息中心網(wǎng)站https://bigd.big.ac.cn/，總編號為PRJCA003382。
此外，可通過百度云網(wǎng)盤下載，鏈接：https://pan.baidu.com/s/1R89umQRTmWpRSOow-4L3vA，提取碼：fafu。
福建農(nóng)林大學(xué)園藝學(xué)院/茶學(xué)福建省高校重點實驗室的葉乃興教授和中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院深圳農(nóng)業(yè)基因組研究所張興坦研究員為該論文的共同通訊作者，福建農(nóng)林大學(xué)2018級博士研究生王鵬杰和2019級碩士研究生余嘉鑫為該論文的共同第一作者，福建農(nóng)林大學(xué)楊江帆教授、金珊講師/博士、岳川副教授、高水練副教授、孫云教授、郭玉瓊教授、2018級碩士研究生陳帥也參與了該項研究。
該研究是在福建省“2011協(xié)同創(chuàng)新中心”中國烏龍茶產(chǎn)業(yè)協(xié)同創(chuàng)新中心專項(閩教科〔2015〕75號)、安溪茶葉重大科技創(chuàng)新專項、國家自然科學(xué)基金(31701874)、國家現(xiàn)代農(nóng)業(yè)(茶葉)產(chǎn)業(yè)技術(shù)體系建設(shè)專項資金項目(CARS-19)等項目的資助下完成。
通訊作者簡介
葉乃興，福建農(nóng)林大學(xué)教授，茶學(xué)學(xué)科主任，中國茶葉學(xué)會學(xué)術(shù)工作委員會委員，長期從事茶樹栽培育種與茶葉品質(zhì)化學(xué)研究，參與育成金觀音、黃觀音、金牡丹、悅茗香、紫牡丹、黃奇等國家級茶樹優(yōu)良品種;主編規(guī)劃教材2部，主編出版《白茶科學(xué)?技術(shù)與市場》《中國烏龍茶種質(zhì)資源利用與產(chǎn)業(yè)經(jīng)濟研究》《福州茉莉花與茶文化系統(tǒng)研究》等茶學(xué)書著;在國內(nèi)外期刊發(fā)表學(xué)術(shù)論文150余篇;獲得福建省科學(xué)技術(shù)二等獎3項、三等獎2項;授權(quán)發(fā)明專利11件。榮獲中華優(yōu)秀茶教師、張?zhí)旄２枞~發(fā)展貢獻獎、閩茶之星等榮譽稱號。
原標(biāo)題：
茶葉科技進展 | 福建農(nóng)林大學(xué)葉乃興教授團隊揭示高香優(yōu)質(zhì)烏龍茶品種‘黃旦’的單體型和二倍體參考基因組
來源：中國茶葉學(xué)會
如涉及版權(quán)問題請聯(lián)系刪除
永泰縣云山有機示范基地位處永泰縣與尤溪縣交界處---蓋洋鄉(xiāng)北山；海拔790米，屬于高山氣候，山底下環(huán)繞一條大樟溪的源頭—長潭溪，為本基地空氣的濕度提供了有利的條件，使本區(qū)域早晚霧氣籠罩，由于山高向陽，日照時間長，非常適合茶葉的生長。
本基地由于處于原生態(tài)的森林之中，沒有經(jīng)過工業(yè)及化學(xué)的污染且方圓十公里無人居住，因此也沒有生活垃圾的污染，地面腐質(zhì)層厚達40厘米，非常有利于有機茶示范基地的建設(shè)。土質(zhì)經(jīng)過福建省農(nóng)業(yè)科學(xué)院茶葉科化驗，各種指標(biāo)均有利于茶葉的生長。基地目前已種植308畝茶葉，主要品種有金觀音、金牡丹、鐵觀音。種苗直接由省農(nóng)業(yè)科學(xué)院茶葉研究所提供，因此種苗品種純正，為日后做出好茶奠定了扎實的基礎(chǔ)。所有種植技術(shù)也是由省農(nóng)科院茶科所的專家現(xiàn)場指導(dǎo)。
金觀音系福建省茶科所從鐵觀音與黃旦的人工雜交后代中選育而成的無性系新良種，屬半發(fā)酵茶，以“形重如鐵、美似觀音”的品質(zhì)特征而享譽海內(nèi)外。
金觀音制作的烏龍茶，外形色澤砂綠烏潤、重實，香氣馥郁幽長，滋味醇厚回甘，“韻味”顯，湯色金黃清澈，葉底肥厚明亮，品質(zhì)優(yōu)異穩(wěn)定。1996年獲福建省名茶獎和優(yōu)質(zhì)茶獎，2003年獲中國（武夷山）茶文化藝術(shù)節(jié)暨凱捷杯茶王賽金獎。
本基地的加工方式采用低溫輕發(fā)酵低火烘焙技術(shù)，較之其它品種更不易上火，更有利于身體健康。
======純手工采摘，一芽一葉======
本基地目前已種植200多畝紅花油茶樹，油茶被稱為世界四大木本食用油料植物。茶油的不飽和脂肪酸含量高達90%，遠遠高于菜油、花生油和豆油，與橄欖油比維生素E含量高一倍，并含有山茶甙等特定生理活性物質(zhì)，具有極高的營養(yǎng)價值。
茶油是一種綠色保健食用油 茶油是一 我國早在南宋年間就開始種植油茶，從茶籽中榨油食用始見于李 時珍的《本草綱目》。在我國的許多古代醫(yī)書中記載了茶油的食療雙 重功能，例如《農(nóng)息居飲食譜》中有茶油潤燥、清熱、息風(fēng)、利頭目； 《農(nóng)政全書》記載的療痔瘡、退濕熱；《綱目拾遺》中的潤腸、清胃 和解毒殺菌作用；《隨之居飲食譜》對茶油更是贊譽有加，“茶油烹 調(diào)看撰，日用皆宜，蒸熟食之，澤發(fā)生光，諸油惟此最為輕清，故諸 病不忌”。在民間，人們從傳統(tǒng)的飲食習(xí)慣中總結(jié)出：孕婦在孕期食 用茶油不僅可以增加母乳，而且對胎兒的正常發(fā)育十分有益；嬰幼兒 及兒童食用茶油可利氣、通便、消火、助消化、促進骨骼發(fā)育；老年 人食用茶油可以去火、養(yǎng)顏、明目、烏發(fā)、抑制衰老、長壽健康。據(jù) 報道澳大利亞人用茶油防治感冒、支氣管炎、嗓子痛、肌肉痛、扭傷、毒蟲叮咬引起的瘡疹、足部真菌病、日光性皮炎、割傷、擦傷、牙齦 炎等，并且可以增強人體的免疫功能，把茶油說成了“靈丹妙藥”。 在臺灣、日本等地，茶油被盛贊為“東方橄欖油”，當(dāng)今食用油中的 最佳選擇。油茶生長于日照時間較長的高山地區(qū)，遠離城市眾多的污染源，又不打農(nóng)藥，也就不會受環(huán)境污染和擁有農(nóng)藥殘留，所以茶油絕對是天然的有機綠色食品，紅花油茶具有較強的綜合優(yōu)勢。紅花油茶茶油是目前公認最好的植物油之一，出油率27%-30%，比大豆的出油率（20%）還高，其含不飽和脂肪酸在90%以上，能夠降血脂，對治療心腦血管等疾病有輔助作用。我國茶油無論在營養(yǎng)成分還是對一些常見病的食療效果上，都不亞于國際上流行的橄欖油。
不久我們將推出只榨取第一道的“御亭山”有機原味山茶油，敬請期待！
烏龍茶是我國的特種茶類，它起源于福建，并由福建傳至臺灣和廣東，發(fā)展至今，主產(chǎn)區(qū)分布在福建、廣東、臺灣三省。
烏龍茶香味獨特，具天然花果香氣和品種的特殊香韻。它是由適制烏龍茶的茶樹品種，在得天獨厚的自然環(huán)境下栽培，采獲其鮮葉為原料，經(jīng)精細加工而成。
烏龍茶加工工藝流程主要有：萎凋→做青→炒青→揉捻→干燥。其中做青（閩南稱搖青，潮安稱浪青，臺灣稱室內(nèi)攪拌）是烏龍茶加工的重要工序,是決定烏龍茶品質(zhì)的關(guān)鍵步驟。做青是搖青與晾青多次反復(fù)交替的作業(yè)過程,有效控制青葉水分的變化和酶性氧化，做青程度因地區(qū)、品種等而有所差異。因此，烏龍茶依產(chǎn)地和品質(zhì)風(fēng)格不同，可分閩北烏龍茶、閩南烏龍茶、廣東烏龍茶、臺灣烏龍茶等。武夷巖茶、安溪鐵觀音、鳳凰單樅、凍頂烏龍是相應(yīng)于該四個區(qū)域的代表性品類。
福建烏龍茶主要品種花色
（一）閩北烏龍茶
主產(chǎn)區(qū)分布在福建北部的武夷山、建陽建甌等一帶。主要有武夷巖茶和閩北水仙、閩北烏龍等。
武夷巖茶是歷史名茶之一，產(chǎn)自福建省武夷山市，武夷巖茶的花色品種一般分為大紅袍、武夷水仙、武夷肉桂、武夷名叢（鐵羅漢、水金龜、白雞冠、半天妖等）、武夷奇種等品種。
閩北水仙和閩北烏龍都產(chǎn)自福建省閩北地區(qū)，產(chǎn)區(qū)分布在建甌、建陽、順昌、邵武等南平地市。
（二）閩南烏龍茶
主產(chǎn)于福建省南部的泉州市、漳州市一帶，此類烏龍茶品種花色多，主產(chǎn)縣域有當(dāng)家品種，冠于縣名為多，如安溪鐵觀音、永春佛手、平和白芽奇蘭、詔安八仙等，閩南水仙和閩南色種屬產(chǎn)區(qū)分布較廣的類型。
在閩西漳平市，還有一種叫漳平水仙茶餅的烏龍茶，方餅形，屬緊壓茶類，傳統(tǒng)茶餅外形呈小方塊，內(nèi)質(zhì)香氣高爽，具花香且香型優(yōu)雅，有蘭花香型、桂花香型等，滋味醇正甘爽且味中透香，湯色橙黃，清澈明亮，葉底肥厚黃亮，紅邊鮮明。
新育成品種黃觀音、黃奇、丹桂、茗科1號（金觀音）、瑞香、金牡丹等在福建主產(chǎn)區(qū)推廣面積有陸續(xù)增加。其品質(zhì)特征因產(chǎn)地因加工方法的不同，花色多樣，大都以內(nèi)質(zhì)高香、味濃、味強或回甘力好的特點為突出，正在形成市場新秀。
廣東烏龍茶主要品種花色
廣東烏龍茶盛產(chǎn)于汕頭地區(qū)的潮安、饒平等地；花色品種主要有鳳凰水仙、浪菜、單叢、石古坪烏龍、饒平色種等。
鳳凰水仙，主產(chǎn)于潮安鳳凰山一帶，外形條索肥壯勻整，色澤灰褐烏潤；內(nèi)質(zhì)香氣清香芬芳。湯色清紅，滋味濃厚回甘，葉底厚實紅邊綠心。浪菜，外形條索肥壯緊結(jié)重實，色澤黃褐油潤；內(nèi)質(zhì)香氣清高帶花香，湯色黃明清澈，滋味濃醇回甘，葉底肥厚柔軟，金黃勻明，紅邊顯。
鳳凰單叢，由株系和品質(zhì)特征結(jié)合，劃分十種香型，即黃枝香、芝蘭香、蜜蘭香、桂花香、玉蘭香、姜花香、夜來香、茉莉香、杏仁香、肉桂香。
還有產(chǎn)自饒平的嶺頭單叢，具有花香蜜韻。饒平色種以饒平西巖采制的品質(zhì)為最佳。石古坪烏龍，外形條索卷曲較細，緊結(jié)，色油潤帶翠，內(nèi)質(zhì)香氣清高持久，有特殊的花香味，滋味鮮醇爽滑，有獨特山韻，葉底青綠微紅邊。
臺灣烏龍茶主要品種花色
臺灣烏龍茶產(chǎn)于臺北、桃園、新竹、苗栗、宜蘭、南投、云林、嘉義等縣市茶區(qū)，產(chǎn)品分包種、烏龍、白毫烏龍等。
文山包種茶，產(chǎn)于臺北縣的文山地區(qū)和臺北市的南港、木柵等地。采摘精細，屬輕發(fā)酵茶類，外形條索自然彎曲，色澤深綠油潤。內(nèi)質(zhì)香氣清新花香，內(nèi)質(zhì)香氣清新持久有自然花香，滋味甘醇，滑活，鮮爽回味強，湯色蜜綠—蜜黃色，清澈明亮。
凍頂烏龍茶，產(chǎn)于南投縣、云林縣、嘉義縣等地。外形條索自然卷曲成半球形，整齊緊結(jié)，白毫顯露，色澤翠綠鮮艷有光澤，干茶具強烈芳香，沖泡后清香明顯，帶自然花香-果香，湯色蜜黃-金黃，清澈而鮮亮，滋味醇厚甘潤，富活性，回韻強，葉底嫩柔有芽。還有金萱、翠玉、四季春等也各有風(fēng)格。
白毫烏龍茶（又名椪風(fēng)茶、東方美人茶、香檳烏龍茶），白毫烏龍茶產(chǎn)于夏季，在新竹縣北埔、峨嵋及苗栗縣頭份等地的青心大冇品種，限用手采茶菁，且唯有經(jīng)小綠葉蟬取食后的原料能制成較佳品質(zhì)之白毫烏龍茶，是臺灣新竹、苗栗特產(chǎn)。
作者簡介
郭雅玲
郭雅玲，福建農(nóng)林大學(xué)園藝學(xué)院茶學(xué)教授，首批遴選國家茶葉產(chǎn)業(yè)技術(shù)體系崗位專家，中國茶葉學(xué)會茶葉感官分析檢驗專業(yè)委員會副主任，福建省茶葉學(xué)會副理事長。
主要從事茶葉加工質(zhì)量控制與審評檢驗研究，茶資源評價與茶文化應(yīng)用，教學(xué)課程系列茶葉加工學(xué)、茶葉審評與檢驗、茶葉品質(zhì)化學(xué)、茶文化與茶藝學(xué)等，發(fā)表學(xué)術(shù)期刊論文百余篇，主編教材書籍2部，參編參撰10部，獲省科技獎三等2項，省教工委優(yōu)秀成果3項（主持），育成新品種1個，指導(dǎo)的研究生中有5名獲得優(yōu)秀畢業(yè)生，被評為福建農(nóng)林大學(xué)優(yōu)秀教師，福建省高校優(yōu)秀黨員，福建省巾幗建功標(biāo)兵，中國茶葉學(xué)會優(yōu)秀女茶葉科技工作者。
來源：中國茶葉學(xué)會，信息貴在分享，如涉及版權(quán)問題請聯(lián)系刪除
